TATA box - TATA box
V molekulární biologii se TATA box (také volal Goldberg-Hogness box ) je sekvence z DNA nalézt v promotorové oblasti z genů v archaea a eukaryotech . Bakteriální homolog TATA boxu, se nazývá pole Pribnow , který má kratší konvenční sekvenci .
Box TATA je považován za nekódující sekvenci DNA (také známý jako cis-regulační prvek ). Byl nazýván "TATA box", protože obsahuje konsensuální sekvenci charakterizovanou opakováním párů T a A bází . Jak termín „krabice“ vznikl, není jasné. V 80. letech minulého století byla při zkoumání nukleotidových sekvencí v lokusech myších genomů nalezena sekvence Hognessova boxu a "orámována" v poloze -31. Když byly porovnávány konsensuální nukleotidy a alternativní, vědci „boxovali“ homologní oblasti. Box v sekvencích vrhá světlo na původ termínu „box“.
Box TATA byl poprvé identifikován v roce 1978 jako součást eukaryotických promotorů. Transkripce je zahájena v TATA boxu v genech obsahujících TATA. Box TATA je vazebné místo proteinu vázajícího TATA (TBP) a dalších transkripčních faktorů v některých eukaryotických genech. Genová transkripce RNA polymerázou II závisí na regulaci jádrového promotoru regulačními prvky dlouhého dosahu, jako jsou zesilovače a tlumiče. Bez řádné regulace transkripce by eukaryotické organismy nebyly schopny správně reagovat na své prostředí.
Na základě sekvence a mechanismu zahájení TATA boxu mohou mutace, jako jsou inzerce , delece a bodové mutace této konsensuální sekvence, vést k fenotypovým změnám. Tyto fenotypové změny se pak mohou změnit na fenotyp onemocnění . Mezi některá onemocnění spojená s mutacemi v TATA boxu patří rakovina žaludku , spinocerebelární ataxie , Huntingtonova choroba , slepota , β-talasémie , imunosuprese , Gilbertův syndrom a HIV-1 . Protein vázající TATA (TBP) by také mohl být cílen viry jako prostředek virové transkripce.
Dějiny
Objev
Box TATA byl prvním eukaryotickým jádrovým promotorovým motivem, který v roce 1978 identifikoval americký biochemik David Hogness, zatímco on a jeho postgraduální student Michael Goldberg absolvovali volno na univerzitě v Basileji ve Švýcarsku. Poprvé objevili sekvenci TATA při analýze 5 ' sekvencí promotoru DNA v genech Drosophila , savců a virů . TATA box byl nalezen v proteinových kódujících genů transkribovány pomocí RNA polymerázy II .
Evoluční historie
Většina výzkumu v boxu TATA byla provedena na genomech kvasinek, lidí a Drosophila , nicméně podobné prvky byly nalezeny u archea a starověkých eukaryot . U druhů archaea obsahuje promotor sekvenci bohatou na 8 bp AT umístěnou ~ 24 bp proti směru od místa startu transkripce. Tato sekvence byla původně nazývána Box A, o které je nyní známo, že je sekvencí, která interaguje s homologem archaealního proteinu vázajícího TATA (TBP). I když některé studie odhalily několik podobností, existují i jiné, které odhalily pozoruhodné rozdíly mezi archaealním a eukaryotickým TBP. Protein archaea vykazuje větší symetrii ve své primární sekvenci a v distribuci elektrostatického náboje, což je důležité, protože vyšší symetrie snižuje schopnost proteinu vázat polárně TATA box.
I když je TATA box přítomen v mnoha eukaryotických promotorech, je důležité poznamenat, že není obsažen ve většině promotorů. Jedna studie zjistila, že méně než 30% z 1031 potenciálních promotorových oblastí obsahuje u lidí domnělý motiv TATA boxu. V Drosophile obsahuje méně než 40% z 205 hlavních promotorů TATA box. Pokud chybí box TATA a TBP není přítomen, navazující promotorový prvek (DPE) ve spolupráci s iniciačním prvkem (Inr) se váže na transkripční faktor II D ( TFIID ), čímž iniciuje transkripci v promotorech bez TATA. DPE byl identifikován ve třech Drosophila TATA-less promotorech a v TATA-less humánním IRF-1 promotoru.
Funkce
Umístění
Sekvence promotoru se liší mezi bakteriemi a eukaryoty . V eukaryotech je TATA box umístěn 25 párů bází před startovním místem, které Rpb4 /Rbp7 používají k zahájení transkripce . U metazoanů je TATA box umístěn 30 párů bází před startovním místem transkripce. Zatímco v kvasinkách, S. cerevisiae , má box TATA variabilní polohu, která se může pohybovat od 40 do 100 bp před místem startu. Box TATA se také nachází ve 40% hlavních promotorů genů, které kódují aktinový cytoskelet a kontraktilní aparát v buňkách.
Typ jádrového promotoru ovlivňuje úroveň transkripce a expresi genu . Protein vázající TATA (TBP) lze získat dvěma způsoby, pomocí SAGA, kofaktoru pro RNA polymerázu II , nebo pomocí TFIID . Když promotéři používají k náboru RNA polymerázy II komplex boxů SAGA/TATA, jsou více regulovány a vykazují vyšší úrovně exprese než promotory využívající způsob náboru TFIID/TBP.
Analogické sekvence
U bakterií mohou oblasti promotoru obsahovat Pribnowův box , který slouží analogickému účelu jako eukaryotický box TATA. Box Pribnow má oblast 6 bp soustředěnou kolem polohy -10 a sekvenci 8-12 bp kolem oblasti -35, které jsou oba zachovány.
CAAT box (také CAT box) je oblast nukleotidů s následující konvenční sekvence: 5' GGCCAATCT 3' . CAAT box je umístěn asi 75-80 bází před místem iniciace transkripce a asi 150 bází upstream od TATA boxu. Váže transkripční faktory (CAAT TF nebo CTF) a tím stabilizuje nedaleký preiniciační komplex pro snazší vazbu RNA polymeráz . CAAT boxy se zřídka nacházejí v genech, které exprimují proteiny všudypřítomné ve všech typech buněk.
Struktura
Sekvence a prevalence
Box TATA je součástí eukaryotického jádrového promotoru a obecně obsahuje konsensuální sekvenci 5'-TATA (A/T) A (A/T) -3 '. Například u kvasinek jedna studie zjistila, že různé genomy Saccharomyces měly konsensuální sekvenci 5'-TATA (A/T) A (A/T) (A/G) -3 ', přesto však jen asi 20% kvasinkových genů obsahovala sekvenci TATA. Podobně u lidí má pouze 24% genů promotorové oblasti obsahující TATA box. Geny obsahující TATA-box mají tendenci být zapojeny do stresových reakcí a určitých typů metabolismu a jsou více regulovány ve srovnání s geny bez TATA. Geny obsahující TATA obecně nejsou zapojeny do základních buněčných funkcí, jako je buněčný růst , replikace DNA , transkripce a translace, protože jsou vysoce regulované.
Box TATA je obvykle umístěn 25-35 párů bází před startovním místem transkripce. Geny obsahující TATA box obvykle vyžadují další promotorové prvky, včetně iniciátorového místa umístěného právě před startovním místem transkripce a downstream core elementu (DCE). Tyto další promotorové oblasti pracují ve spojení s TATA boxem k regulaci zahájení transkripce v eukaryotech.
Funkce
Role v iniciaci transkripce
TATA-box je místem tvorby preiniciačního komplexu , což je první krok v iniciaci transkripce u eukaryot. Tvorba preiniciačního komplexu začíná, když se vícepodjednotkový transkripční faktor II D ( TFIID ) váže na TATA box na jeho podjednotce TATA-binding protein (TBP) . TBP se váže na vedlejší drážku TATA boxu prostřednictvím oblasti antiparalelních β listů v proteinu. K vazbě TBP na box TATA přispívají tři typy molekulárních interakcí :
- Čtyři fenylalaninové zbytky (Phe57, Phe74, Phe148, Phe 165) na TBP se vážou na DNA a vytvářejí zalomení v DNA, což nutí otevřít malou drážku DNA.
- Mezi polárními postranními řetězci na aminokyselině TBP (Asn27, Asn117, Thr82, Thr173) (a bázemi v malé drážce ) se tvoří čtyři vodíkové vazby .
- Mezi zbytky TBP (zejména Ile152 a Leu163) a bázemi DNA se tvoří četné hydrofobní interakce (~ 15) , včetně van der Waalsových sil.
Vazba TBP je navíc usnadněna stabilizací interakcí s DNA lemující box TATA, který se skládá ze sekvencí bohatých na GC. Tyto sekundární interakce vyvolávají ohýbání DNA a šroubovicové odvíjení. Stupeň ohýbání DNA závisí na druhu a sekvenci. Jedna studie například použila sekvenci promotoru adenovirového TATA (5'-CGC TATAAAAG GGC-3 ') jako modelovou vazebnou sekvenci a zjistila, že vazba lidského TBP na TATA box indukovala ohyb 97 ° směrem k hlavní drážce, zatímco kvasinkový TBP protein indukoval pouze ohyb 82 °. Studie rentgenové krystalografie komplexů TBP/TATA-box obecně souhlasí s tím, že DNA prochází vazbou TBP ~ 80 °.
Konformační změny vyvolané vazbou TBP na TATA box umožňují navázání dalších transkripčních faktorů a RNA polymerázy II na oblast promotoru . TFIID se nejprve váže na TATA box, což je usnadněno vazbou TFIIA na upstream část komplexu TFIID . TFIIB se potom váže na TFIID- TFIIA -DNA komplex interakcí jak proti proudu a po proudu od TATA boxu. RNA polymeráza II je poté rekrutována do tohoto multi-proteinového komplexu pomocí TFIIF . Potom se váží další transkripční faktory, nejprve TFIIE a poté TFIIH . Tím je sestavení preiniciačního komplexu pro eukaryotickou transkripci dokončeno . Obecně se TATA box nachází v oblastech promotoru RNA polymerázy II, ačkoli některé studie in vitro prokázaly, že RNA polymeráza III dokáže rozpoznávat sekvence TATA.
Tento shluk RNA polymerázy II a různých transkripčních faktorů je známý jako bazální transkripční komplex (BTC). V tomto stavu poskytuje pouze nízkou úroveň transkripce. Ke zvýšení úrovní transkripce musí BTC stimulovat další faktory. Jedním takovým příkladem BTC stimulující oblasti DNA je box CAAT . Další faktory, včetně komplexu Mediator , transkripčních regulačních proteinů a enzymů modifikujících nukleozomy, také posilují transkripci in vivo .
Interakce
V určitých typech buněk nebo v promotorech specifických TBP může být nahrazen jedním z několika faktorů, TBP související (TRF1 v Drosophila , TBPL1 / TRF2 v metazoans , TBPL2 / TRF3 v obratlovci ), z nichž některé interagují s TATA box podobné TBP . Interakce TATA boxy s různými aktivátory nebo represory mohou ovlivňovat transkripci z genů v mnoha ohledech. Zesilovače jsou regulační prvky dlouhého dosahu, které zvyšují aktivitu promotoru, zatímco tlumiče potlačují aktivitu promotoru.
Mutace
Mutace v TATA boxu se mohou pohybovat od delece nebo inzerce až po bodovou mutaci s různými efekty na základě genu, který byl mutován. Tyto mutace změnit vazbu TATA-vázající protein (TBP) pro transkripční iniciaci. Existuje tedy výsledná změna fenotypu na základě genu, který není exprimován (obrázek 3).
Vkládání nebo mazání
Jedna z prvních studií boxových mutací TATA zkoumala sekvenci DNA z Agrobacterium tumefaciens pro gen cytokininu typu octopin . Tento specifický gen má tři TATA boxy. Změna fenotypu byla pozorována pouze tehdy, když byly odstraněny všechny tři boxy TATA. Vložení pomocných párů bází mezi posledním TATA boxu a místa počátku transkripce vedlo k posunu místa startu; což má za následek fenotypovou změnu. Z této původní studie mutací lze pozorovat změnu transkripce, pokud neexistuje žádný TATA box podporující transkripci, ale k transkripci genu dojde, když dojde k inzerci do sekvence. Povaha výsledného fenotypu může být ovlivněna vložením .
Mutace v promotorech kukuřice ovlivňují expresi promotorových genů způsobem specifickým pro rostlinné orgány. Duplikace z TATA box vede k významnému snížení enzymové aktivity v štítkových a kořeny , přičemž pyl enzymatické úrovně nedotčena. Vypuštění z TATA box vede k menšímu poklesu enzymové aktivity v štítkových a kořenů , ale velký pokles enzymatické úrovni v pylu .
Bodové mutace
Bodové mutace do pole TATA mají podobné různé fenotypové změny v závislosti na genu, který je ovlivněn. Studie také ukazují, že umístění mutace v sekvenci boxu TATA brání navázání TBP . Například mutace z TATAAAA na CATAAAA zcela brání vazbě dostatečně na změnu transkripce , sousední sekvence mohou ovlivnit, zda dojde ke změně nebo ne. V buňkách HeLa s TATAAAA na TATACAA je však vidět změna, která vede k 20násobnému snížení transkripce . Některá onemocnění, která mohou být způsobena touto nedostatečností specifickou genovou transkripcí, jsou: talasémie , rakovina plic , chronická hemolytická anémie , imunosuprese , hemofilie B Leyden a tromboflebitida a infarkt myokardu .
Savinkova a kol. napsal simulaci pro předpovídání hodnoty K D pro vybranou sekvenci TATA boxu a TBP . Toho lze využít k přímé předpovědi fenotypových znaků vyplývajících z vybrané mutace na základě toho, jak pevně se TBP váže na box TATA.
Nemoci
Mutace v oblasti TATA boxu ovlivňují vazbu proteinu vázajícího TATA (TBP) pro zahájení transkripce, což může způsobit, že nosiče mají fenotyp onemocnění .
Rakovina žaludku koreluje s polymorfismem TATA boxu . Box TATA má vazebné místo pro transkripční faktor genu PG2. Tento gen produkuje PG2 sérum, který je používán jako biomarker pro nádory v karcinomu žaludku. Delší sekvence TATA boxu korelují s vyššími hladinami séra PG2 indikujícími stavy rakoviny žaludku. Nosiče s kratšími sekvencemi TATA boxu mohou produkovat nižší hladiny séra PG2.
Několik neurodegenerativních poruch je spojeno s mutacemi TATA boxu. Byly zdůrazněny dvě poruchy, spinocerebelární ataxie a Huntingtonova choroba . U spinocerebelární ataxie je fenotyp onemocnění způsoben expanzí polyglutaminové repetice v proteinu vázajícím TATA (TBP) . K akumulaci těchto polyglutaminových-TBP buněk dojde, jak ukazují proteinové agregáty v mozkových sekcích pacientů, což vede ke ztrátě neuronálních buněk .
Slepota může být způsobena nadměrnou tvorbou katarakty, když je TATA box zaměřen mikroRNA, aby se zvýšila úroveň genů oxidačního stresu. MikroRNA mohou cílit na 3'-netranslatovanou oblast a vázat se na TATA box, aby aktivovaly transkripci genů souvisejících s oxidačním stresem.
SNP v boxech TATA jsou spojeny s B-thalassemií , imunosupresí a dalšími neurologickými poruchami . SNP destabilizují komplex TBP/TATA, což významně snižuje rychlost, s jakou se proteiny vázající TATA (TBP) váží na box TATA. To vede k nižším úrovním transkripce, které ovlivňují závažnost onemocnění. Výsledky studií zatím prokázaly interakci in vitro, ale výsledky mohou být srovnatelné s in vivo.
Gilbertův syndrom koreluje s polymorfismem boxu UTG1A1 TATA . To představuje riziko rozvoje žloutenky u novorozenců.
MikroRNA také hrají roli při replikaci virů, jako je HIV-1 . Bylo zjištěno, že nová mikroRNA kódovaná HIV-1 zvyšuje produkci viru a také aktivuje latenci HIV-1 zacílením na oblast boxu TATA.
Klinický význam
Technologie
Mnoho dosud provedených studií bylo provedeno in vitro , přičemž poskytly pouze predikci toho, co se může stát, nikoli reprezentaci toho, co se v buňkách děje, v reálném čase . Nedávné studie v roce 2016 byly provedeny k prokázání aktivity vazby TATA in vivo . Mechanismy specifické pro základní promotor pro zahájení transkripce kanonickým zařízením na bazální transkripci závislým na TBP/TFIID byly nedávno dokumentovány in vivo, které ukazují aktivaci upstream aktivační sekvence (UAS) závislé na SRF lidského ACTB genu zapojeného do vazby TATA.
Terapie rakoviny
Farmaceutické společnosti v průběhu let navrhovaly léky pro terapii rakoviny zaměřené na DNA tradičními metodami a ukázaly se jako úspěšné. Toxicita těchto léků však přiměla vědce prozkoumat další procesy související s DNA, na které by bylo možné místo toho cílit. V posledních letech bylo vynaloženo kolektivní úsilí na nalezení molekulárních cílů specifických pro rakovinu, jako jsou komplexy protein-DNA, které obsahují vazebný motiv TATA. Sloučeniny, které zachycují meziprodukt protein-DNA, by mohly mít za následek, že budou toxické pro buňku, jakmile narazí na proces zpracování DNA . Mezi příklady léčiv, které obsahují takové sloučeniny, patří topotekan , SN-38 ( topoizomeráza I ), doxorubicin a mitoxantron ( topoizomeráza II ). Cisplatina je sloučenina, která se váže kovalentně k sousedním guaninů v hlavní drážce části DNA , které narušují DNA pro umožnění přístupu DNA-vazebných proteinů v malém žlábku . To destabilizuje interakci mezi proteinem vázajícím TATA (TBP) na pole TATA. Konečným výsledkem je imobilizace proteinu vázajícího TATA (TBP) na DNA, aby se snížila regulace zahájení transkripce .
Genetické inženýrství
Úprava boxu TATA
Evoluční změny přiměly rostliny přizpůsobit se měnícím se podmínkám prostředí. V historii z Země , vývoj zemské aerobní atmosféře vedlo k železné deficitu v rostlinách. Ve srovnání s ostatními členy stejného druhu Malus baccata var. xiaojinensis má TATA box vložený do promotoru proti směru železo-regulované transportéru 1 (IRT1) promotor . V důsledku toho jsou zvýšeny úrovně aktivity promotoru, což zvyšuje aktivitu TFIID a následně iniciaci transkripce , což má za následek účinnější fenotyp železa.
Viz také
Reference
- ^ a b c Lifton RP, Goldberg ML, Karp RW, Hogness DS (1978). „Organizace genů histonu v Drosophila melanogaster: funkční a evoluční důsledky“. Symposia Cold Spring Harbor o kvantitativní biologii . 42 (2): 1047–51. doi : 10,1101/sqb.1978.042.01.105 . PMID 98262 .
- ^ a b c d e f Smale ST, Kadonaga JT (2003). „Základní promotor RNA polymerázy II“. Výroční přehled biochemie . 72 : 449–79. doi : 10,1146/annurev.biochem.72.121801.161520 . PMID 12651739 .
- ^ a b c d e f Watson, James D. (2014). Molekulární biologie genu . Watson, James D., 1928- (sedmé vydání.). Boston. ISBN 9780321762436. OCLC 824087979 .
- ^ a b Ohshima Y, Okada N, Tani T, Itoh Y, Itoh M (říjen 1981). „Nukleotidové sekvence myších genomových lokusů včetně genu nebo pseudogenu pro U6 (4,8S) nukleární RNA“ . Výzkum nukleových kyselin . 9 (19): 5145–58. doi : 10,1093/nar/9.19.5145 . PMC 327505 . PMID 6171774 .
- ^ a b c d Xu M, Gonzalez-Hurtado E, Martinez E (duben 2016). „Regulace genu specifická pro promotor jádra: selektivita TATA boxu a obousměrnost transkripce aktivované faktorem sérové odpovědi závislá na iniciátoru“ . Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - mechanismy regulace genů . 1859 (4): 553–63. doi : 10,1016/j.bbagrm.2016.01.005 . PMC 4818687 . PMID 26824723 .
- ^ Mainz D, Quadt I, Stranzenbach AK, Voss D, Guarino LA, Knebel-Mörsdorf D (červen 2014). „Exprese a nukleární lokalizace proteinu vážícího TATA box během bakulovirové infekce“ . The Journal of General Virology . 95 (Pt 6): 1396–407. doi : 10,1099/vir.0.059949-0 . PMID 24676420 . S2CID 33480957 .
- ^ Gehring WJ (1998). Master Control Genes in Development and Evolution: The Homeobox Story . New Haven: Yale University Press. ISBN 978-0300074093.
- ^ a b Kutach AK, Kadonaga JT (červenec 2000). „Prvek downstream promotoru DPE se zdá být stejně široce používán jako box TATA v základních promotorech Drosophila“ . Molekulární a buněčná biologie . 20 (13): 4754–64. doi : 10,1128/mcb.20.13.4754-4764.2000 . PMC 85905 . PMID 10848601 .
- ^ Suzuki Y, Tsunoda T, Sese J, Taira H, Mizushima-Sugano J, Hata H, Ota T, Isogai T, Tanaka T, Nakamura Y, Suyama A, Sakaki Y, Morishita S, Okubo K, Sugano S (květen 2001 ). „Identifikace a charakterizace potenciálních promotorových oblastí 1031 druhů lidských genů“ . Výzkum genomu . 11 (5): 677–84. doi : 10,1101/gr.gr-1640r . PMC 311086 . PMID 11337467 .
- ^ a b c Tripathi, G. (2010). Buněčná a biochemická věda . Nové Dillí: IK International Publishing House Pvt. Ltd. s. 373–374. ISBN 9788188237852.
- ^ a b Baptista T, Grünberg S, Minoungou N, Koster MJ, Timmers HT, Hahn S, Devys D, Tora L (říjen 2017). „SAGA je obecný kofaktor transkripce RNA polymerázy II“ . Molekulární buňka . 68 (1): 130–143.e5. doi : 10,1016/j.molcel.2017.08.016 . PMC 5632562 . PMID 28918903 .
- ^ a b Basehoar AD, Zanton SJ, Pugh BF (březen 2004). „Identifikace a odlišná regulace kvasinkových genů obsahujících TATA box“ . Buňka . 116 (5): 699–709. doi : 10,1016/s0092-8674 (04) 00205-3 . PMID 15006352 .
- ^ Yang C, Bolotin E, Jiang T, Sladek FM, Martinez E (březen 2007). „Prevalence iniciátoru nad TATA boxem v lidských a kvasinkových genech a identifikace motivů DNA obohacených o lidské promotory jádra bez TATA“ . Gen . 389 (1): 52–65. doi : 10.1016/j.gene.2006.09.029 . PMC 1955227 . PMID 17123746 .
- ^ a b Bae SH, Han HW, Moon J (2015). „Funkční analýza molekulárních interakcí genů obsahujících TATA box a esenciálních genů“ . PLOSTE JEDEN . 10 (3): e0120848. Bibcode : 2015PLoSO..1020848B . doi : 10,1371/journal.pone.0120848 . PMC 4366266 . PMID 25789484 .
- ^ Starr DB, Hawley DK (prosinec 1991). „TFIID se váže v malé drážce pole TATA“. Buňka . 67 (6): 1231–40. doi : 10,1016/0092-8674 (91) 90299-e . PMID 1760847 . S2CID 10297041 .
- ^ a b c d e Kim JL, Nikolov DB, Burley SK (říjen 1993). „Kokrystalová struktura TBP rozpoznávající vedlejší drážku prvku TATA“. Příroda . 365 (6446): 520–7. Bibcode : 1993Natur.365..520K . doi : 10,1038/365520a0 . PMID 8413605 . S2CID 4371241 .
- ^ a b c Nikolov DB, Chen H, Halay ED, Hoffman A, Roeder RG, Burley SK (květen 1996). „Krystalová struktura komplexu komplexu protein/TATA element vázající lidský box TATA“ . Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických . 93 (10): 4862–7. Bibcode : 1996PNAS ... 93,4862N . doi : 10,1073/pnas.93.10.4862 . PMC 39370 . PMID 8643494 .
- ^ a b c Kim Y, Geiger JH, Hahn S, Sigler PB (říjen 1993). „Krystalová struktura kvasinkového komplexu TBP/TATA-box“. Příroda . 365 (6446): 512–20. Bibcode : 1993Natur.365..512K . doi : 10,1038/365512a0 . PMID 8413604 . S2CID 4336203 .
- ^ Horikoshi M, Bertuccioli C, Takada R, Wang J, Yamamoto T, Roeder RG (únor 1992). „Transkripční faktor TFIID indukuje ohýbání DNA po navázání na prvek TATA“ . Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických . 89 (3): 1060–4. Bibcode : 1992 PNAS ... 89.1060H . doi : 10,1073/pnas.89.3.1060 . PMC 48385 . PMID 1736286 .
- ^ Blair RH, Goodrich JA, Kugel JF (září 2012). „Jednomolekulární přenos fluorescenční rezonanční energie ukazuje uniformitu v ohýbání DNA indukované proteinem vázajícím TATA a heterogenitu v kinetice ohybu“ . Biochemie . 51 (38): 7444–55. doi : 10,1021/bi300491j . PMC 3551999 . PMID 22934924 .
- ^ Whittington JE, Delgadillo RF, Attebury TJ, Parkhurst LK, Daugherty MA, Parkhurst LJ (červenec 2008). „Rozpoznání proteinů vázajících TATA a ohýbání konsensuálního promotoru závisí na druhu proteinu“ . Biochemie . 47 (27): 7264–73. doi : 10,1021/bi800139w . PMID 18553934 .
- ^ Hlasitěji RK, He Y, López-Blanco JR, Fang J, Chacón P, Nogales E (březen 2016). „Struktura TFIID navázaná na promotor a model sestavy lidského pre-iniciačního komplexu“ . Příroda . 531 (7596): 604–9. Bibcode : 2016Natur.531..604L . doi : 10,1038/příroda17394 . PMC 4856295 . PMID 27007846 .
- ^ Wang J, Zhao S, He W, Wei Y, Zhang Y, Pegg H, Shore P, Roberts SG, Deng W (červenec 2017). „Místo vázající transkripční faktor IIA odlišně reguluje transkripci zprostředkovanou RNA polymerázou II způsobem závislým na promotoru“ . The Journal of Biological Chemistry . 292 (28): 11873–11885. doi : 10,1074/jbc.M116.770412 . PMC 5512080 . PMID 28539359 .
- ^ a b c Krishnamurthy S, Hampsey M (únor 2009). „Eukaryotické zahájení transkripce“ . Aktuální biologie . 19 (4): R153–6. doi : 10.1016/j.cub.2008.11.052 . PMID 19243687 .
- ^ Duttke SH (červenec 2014). „RNA polymeráza III přesně iniciuje transkripci z promotorů RNA polymerázy II in vitro“ . The Journal of Biological Chemistry . 289 (29): 20396–404. doi : 10,1074/jbc.M114.563254 . PMC 4106352 . PMID 24917680 .
- ^ Akhtar W, Veenstra GJ (1. ledna 2011). „Faktory související s TBP: paradigma rozmanitosti v zahájení transkripce“ . Cell & Bioscience . 1 (1): 23. doi : 10,1186/2045-3701-1-23 . PMC 3142196 . PMID 21711503 .
- ^ a b Chioin R, Stritoni P, Scognamiglio R, Boffa GM, Daliento L, Razzolini R, Ramondo A, Dalla Volta S (1987). "[Přirozená anamnéza koronárního onemocnění s aortokoronárním bypassem a bez něj. Křivky přežití 272 pacientů po dobu maximálně 24 měsíců (překlad autora)]" . Giornale Italiano di Cardiologia . 8 (4): 359–64. doi : 10,1093/nar/15.20.8283 . PMC 306359 . PMID 3671084 .
- ^ a b Gaillard J, Haguenauer JP, Romanet P, Boulud B, Gerard JP (listopad 1977). „[Nádory čichového kódu. Studie 5 případů]“ . Časopis Français d'Oto-Rhino-Laryngologie; Audiophonologie, Chirurgie Maxillo-Faciale . 26 (9): 669–76. doi : 10,1093/nar/24.15.3100 . PMC 146060 . PMID 8760900 .
- ^ a b Kloeckener-Gruissem B, Vogel JM, Freeling M (leden 1992). „Oblast promotoru TATA boxu kukuřice Adh1 ovlivňuje její orgánově specifickou expresi“ . EMBO Journal . 11 (1): 157–66. doi : 10.1002/j.1460-2075.1992.tb05038.x . PMC 556436 . PMID 1740103 .
- ^ Fei YJ, Stoming TA, Efremov GD, Efremov DG, Battacharia R, Gonzalez-Redondo JM, Altay C, Gurgey A, Huisman TH (červen 1988). „Beta-talasemie způsobená mutací T ---- A v ATA boxu“. Komunikace biochemického a biofyzikálního výzkumu . 153 (2): 741–7. doi : 10,1016/S0006-291X (88) 81157-4 . PMID 3382401 .
- ^ Bower GC (září 1978). „Cena medaile Willa Rosse za rok 1978“ . Americký přehled respiračních chorob . 118 (3): 635–6. doi : 10,1128/mcb.10.8.3859 . PMC 360896 . PMID 2196437 .
- ^ Antonarakis SE, Irkin SH, Cheng TC, Scott AF, Sexton JP, Trusko SP, Charache S, Kazazian HH (1984). „beta-thalassemie u amerických černochů: nové mutace v poli„ TATA “a místo sestřihu akceptoru„ . Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických . 81 (4): 1154–8. Bibcode : 1984PNAS ... 81.1154A . doi : 10,1073/pnas.81.4.1154 . PMC 344784 . PMID 6583702 .
- ^ Zienolddiny S, Ryberg D, Maggini V, Skaug V, Canzian F, Haugen A (duben 2004). „Polymorfismy beta genu interleukinu-1 jsou spojeny se zvýšeným rizikem nemalobuněčného karcinomu plic“ . International Journal of Cancer . 109 (3): 353–6. doi : 10.1002/ijc.11695 . PMID 14961572 .
- ^ Hildebrandt P (srpen 1991). "Subkutánní absorpce inzulínu u diabetiků závislých na inzulínu. Vliv druhů, fyzikálně-chemické vlastnosti inzulínu a fyziologické faktory" . Dánský lékařský zpravodaj . 38 (4): 337–46. PMC 1914533 . PMID 8571957 .
- ^ Takahashi K, Ezekowitz RA (listopad 2005). „Role lektinu vázajícího manózu v přirozené imunitě“ . Klinické infekční nemoci . 41 Suppl 7: S440–4. doi : 10,1086/431987 . PMID 16237644 .
- ^ Sweet D, Golomb H, Desser R, Ultmann JE, Yachnin S, Stein R (květen 1975). „Dopis: Chemoterapie pokročilých histocytových lymfomů“ . Lancet . 1 (7916): 6300–3. doi : 10,1016/s0140-6736 (75) 92521-0 . PMC 49488 . PMID 1631121 .
- ^ Arnaud E, Barbalat V, Nicaud V, Cambien F, Evans A, Morrison C, Arveiler D, Luc G, Ruidavets JB, Emmerich J, Fiessinger JN, Aiach M (březen 2000). "Polymorfismy v 5 'regulační oblasti genu tkáňového faktoru a riziko infarktu myokardu a žilní tromboembolie: studie ECTIM a PATHROS. Etude Cas-Témoins de l'Infarctus du Myocarde. Studie případové kontroly Pařížské trombózy" . Arterioskleróza, trombóza a vaskulární biologie . 20 (3): 892–8. doi : 10,1161/01.ATV.20.3.892 . PMID 10712418 .
- ^ Savinkova L, Drachkova I, Arshinova T, Ponomarenko P, Ponomarenko M, Kolchanov N (2013). „Experimentální ověření predikovaných účinků polymorfismů promotoru TATA-boxu spojených s lidskými chorobami na interakce mezi TATA boxy a proteinem vázajícím TATA“ . PLOSTE JEDEN . 8 (2): e54626. Bibcode : 2013PLoSO ... 854626S . doi : 10,1371/journal.pone.0054626 . PMC 3570547 . PMID 23424617 .
- ^ De Re V, Magris R, De Zorzi M, Maiero S, Caggiari L, Fornasarig M, Repetto O, Buscarini E, Di Mario F (2017). „P.08.10: Interference oblasti PG2 Tata Box se sérovou hladinou PG2 při rakovině žaludku“. Onemocnění trávicího ústrojí a jater . 49 : e182 – e183. doi : 10,1016/s1590-8658 (17) 30534-0 .
- ^ Roshan R, Choudhary A, Bhambri A, Bakshi B, Ghosh T, Pillai B (srpen 2017). „Dysregulace mikroRNA v polyglutaminové toxicitě proteinu vázajícího TATA-box je zprostředkována STAT1 v buňkách neuronů myší“ . Journal of Neuroinflammation . 14 (1): 155. doi : 10,1186/s12974-017-0925-3 . PMC 5543588 . PMID 28774347 .
- ^ Wu C, Liu Z, Ma L, Pei C, Qin L, Gao N, Li J, Yin Y (srpen 2017). „MiRNA regulují geny související s oxidačním stresem vazbou na oblasti 3 'UTR a TATA-box: nová hypotéza pro patogenezi katarakty“ . BMC oftalmologie . 17 (1): 142. doi : 10,1186/s12886-017-0537-9 . PMC 5556341 . PMID 28806956 .
- ^ Drachkova I, Savinkova L, Arshinova T, Ponomarenko M, Peltek S, Kolchanov N (květen 2014). „Mechanismus, kterým polymorfismy TATA boxu spojené s lidskými dědičnými chorobami ovlivňují interakce s proteinem vázajícím TATA“. Lidská mutace . 35 (5): 601–8. doi : 10,1002/humu.22535 . PMID 24616209 . S2CID 19928327 .
- ^ Žaja O, Tiljak MK, Štefanović M, Tumbri J, Jurčić Z (květen 2014). „Korelace polymorfismu UGT1A1 TATA-box a žloutenky u kojených novorozenců-časná prezentace Gilbertovu syndromu“. The Journal of Maternal-Fetal & Neonatal Medicine . 27 (8): 844–50. doi : 10,3109/14767058.2013.837879 . PMID 23981182 . S2CID 29893463 .
- ^ Zhang Y, Fan M, Geng G, Liu B, Huang Z, Luo H, Zhou J, Guo X, Cai W, Zhang H (březen 2014). „Nová mikroRNA kódovaná HIV-1 zvyšuje svou virovou replikaci zacílením na oblast boxu TATA“ . Retrovirologie . 11 : 23. doi : 10,1186/1742-4690-11-23 . PMC 4007588 . PMID 24620741 .
- ^ a b c Hurley LH (březen 2002). „DNA a její související procesy jako cíle pro terapii rakoviny“. Recenze přírody. Cancer . 2 (3): 188–200. doi : 10,1038/nrc749 . PMID 11990855 . S2CID 24209612 .
- ^ a b Zhang M, Lv Y, Wang Y, Rose JK, Shen F, Han Z, Zhang X, Xu X, Wu T, Han Z (leden 2017). „Vložení schránky TATA poskytuje mechanismus výběru, který je základem adaptací na nedostatek Fe“ . Fyziologie rostlin . 173 (1): 715–727. doi : 10,1104/str.16.01504 . PMC 5210749 . PMID 27881725 .