Seznam softwaru pro predikci genů - List of gene prediction software
Toto je seznam softwarových nástrojů a webových portálů používaných pro predikci genů .
| název | Popis | Druh | Reference |
|---|---|---|---|
| NÁLEZCE | Automatizovaný softwarový balíček pro anotaci eukaryotických genů z dat RNA-Seq a souvisejících proteinových sekvencí | Eukaryoty | |
| FragGeneScan | Předpovídání genů v kompletních genomech a sekvenční čtení | Prokaryoty, metagenomy | |
| ATGpr | Identifikuje místa iniciace translace v sekvencích cDNA | ||
| MARNOTRATNÝ | Jeho název znamená Prokaryotic Dynamic Programming Genefinding Algorithm. Je založen na funkcích pravděpodobnosti protokolu a nepoužívá skryté nebo interpolované Markovovy modely. | Prokaryoty, metagenomy (metaProdigal) | |
| AUGUSTUS | Prediktor genu eukaryota | Eukaryoty | |
| BGF | Skrytý Markovův model (HMM) a program predikce genů ab initio založený na dynamickém programování | ||
| DIOGENY | Rychlá detekce kódujících oblastí v krátkých genomových sekvencích | ||
| Vyhledávač dračích promotérů | Program rozpoznávání promotorů RNA polymerázy II obratlovců | ||
| EUGENE | Integrativní nález genů | Eukaryoty | |
| FGENESH | Predikce genové struktury založené na HMM: více genů, oba řetězce | Eukaryoty | |
| ZARÁMOVANÝ | Najděte geny a posun snímků v sekvencích prokaryot bohatých na G + C | Prokaryotes | |
| GeMoMa | Homologie založená na genové predikci založené na zachování aminokyselin a polohy intronu, jakož i na datech RNA-Seq | ||
| GÉNIUS | Spojuje ORF v kompletních genomech s proteinovými 3D strukturami | ||
| genid | Program pro předpovídání genů, exonů, spojovacích míst a dalších signálů podél sekvencí DNA | Eukaryoty | |
| GENEPARSER | Analyzujte sekvence DNA na introny a exony | ||
| GeneMark | Rodina programů pro predikci genových predikcí | Prokaryoty, Eukaryoty,
Metagenomy |
|
| GeneTack | Předpovídá geny s posuny rámců v prokaryotických genomech | Prokaryotes | |
| GENOMESCAN | Předpovídá umístění a exon-intronové struktury genů v genomových sekvencích z různých organismů | ||
| GENSCAN | Vyhledá geny pomocí Fourierovy transformace | ||
| ZÁBLESK | Najde geny v mikrobiální DNA | Prokaryotes | |
| GLIMMERHMM | Eukaryotický systém pro vyhledávání genů | Eukaryoty | |
| GrailEXP | Předpovídá exony, geny, promotory, polyas, CpG ostrovy, podobnosti EST a opakující se prvky v sekvenci DNA | ||
| mGene | Systém založený na podpůrném vektorovém stroji (SVM) k hledání genů | Eukaryoty | |
| mGene.ngs | Systém založený na SVM k hledání genů pomocí heterogenních informací: RNA-seq, obkladová pole | Eukaryoty | |
| MORGAN | Systém rozhodovacího stromu k nalezení genů v DNA obratlovců | Eukaryoty | |
| NIX | Webový nástroj pro kombinaci výsledků z různých programů: GRAIL, FEX, HEXON, MZEF, GENEMARK, GENEFINDER, FGENE, BLAST, POLYAH, REPEATMASKER, TRNASCAN | ||
| NNPP | Predikce promotoru neurální sítě | ||
| NNSPLICE | Predikce spojování neuronových sítí | ||
| FINF FINDER | Nástroj pro grafickou analýzu k vyhledání všech otevřených čtecích rámců | ||
| Nástroje pro analýzu regulační sekvence | Série modulárních počítačových programů pro detekci regulačních signálů v nekódujících sekvencích | ||
| PHANOTATE | Nástroj pro anotaci fágových genomů. | Fágy | |
| Nástroje pro analýzu regulační sekvence | Série modulárních počítačových programů pro detekci regulačních signálů v nekódujících sekvencích | ||
| SPLICEPREDICTOR | Metoda k identifikaci potenciálních míst sestřihu v (rostlinné) pre-mRNA sekvenční kontrolou pomocí Bayesianských statistických modelů | Eukaryoty | |
| ZÁVOJ | Skrytý Markovův model k nalezení genů na DNA obratlovců | Eukaryoty |
Viz také
- Genová předpověď
- Seznam softwaru pro predikci struktury RNA
- Srovnání softwaru pro modelování molekulární mechaniky