DECIPHER - DECIPHER
DECIPHER je webový zdroj a databáze údajů o genomových variacích z analýzy DNA pacienta . Dokumentuje submikroskopické abnormality chromozomů ( mikrodelece a duplikace ) a varianty patogenních sekvencí (varianty jednotlivých nukleotidů - SNV, vložení, delece, InDels) od více než 25 000 pacientů a mapuje je do lidského genomu pomocí Ensembl nebo UCSC Genome Browser . Kromě toho katalogizuje klinické charakteristiky každého pacienta a spravuje databázi syndromů mikrodelece/duplikace spolu s odkazy na příslušné vědecké zprávy a podpůrné skupiny .
Akronym z databáze chromozomální nerovnováha a fenotypu lidí za použití ENSEMBL zdroje , dešifrovat byl zahájen v roce 2004 na Sanger Institute ve Spojeném království, které jsou financovány z Wellcome Trust . Je však podporováno mezinárodním výzkumným konsorciem, přičemž údaje o pacientech poskytlo více než 240 center klinické genetiky ze 33 zemí. Každé centrum zastupuje zkušený klinický genetik a vedoucí molekulární cytogenetik .
Cíle
Společnost DECIPHER byla založena v roce 2004 Nigelem Carterem z Wellcome Trust Sanger Institute a Helen Firth , klinickou genetickou poradkyní v nemocnici Addenbrooke v Cambridgi . Má tři hlavní cíle:
- Pomoc při interpretaci věrohodně patogenních variant z genomových analýz jejich umístěním do kontextu známých patogenních variant, jiných věrohodně patogenních variant a populačních variací
- Anotujte věrohodně patogenní varianty s jejich pravděpodobným funkčním dopadem pomocí nástrojů Ensembl pro porovnání sekvenčních a strukturálních variant s nejnovější funkční anotací současného lidského referenčního genomu, např. Definujte, které geny jsou zahrnuty v konkrétní variantě počtu kopií (mikrodelece / mikroduplikace) nebo pro varianty sekvencí , ať už jsou umístěny v genu nebo regulačním prvku.
- Usnadnit výzkum studia genů, které ovlivňují lidské zdraví a vývoj, s cílem zlepšit diagnostiku, léčbu a terapii vzácných onemocnění.
Jako nástroj pro klinické genetiky, cytogenetiky a molekulární biology se DECIPHER používá k určení, zda variace počtu kopií genů identifikované u pacientů mají klinický význam. Členové mohou vizualizovat geny v oblasti DNA změněné u svých pacientů a zjistit, zda je známo, že některé jsou zapojeny do onemocnění. Chromozomální nerovnováha je hlavní příčinou zpoždění ve vývoji, poruch učení a vrozených abnormalit a - podle Emily Niemitzové v Nature Genetics - databáze usnadňuje spolupráci mezi výzkumníky a kliniky, kteří mají pacienty s podobnými klinickými vlastnostmi, což může „pomoci při objevování nové syndromy a v rozpoznávání genů klinického významu “.
Proces
Pacienti jsou zařazeni do DECIPHER registrovanými členy konsorcia. Klinický genetik obvykle zajišťuje chromozomovou analýzu DNA pacienta (obvykle založenou na mikročipu ). Může být identifikována potenciální mikrodelece/mikroduplikace, ale lékařský význam není znám. Klinik může zadat anonymizovaná data do omezené, heslem chráněné databáze DECIPHER a mapovat umístění a velikost chromozomální delece/duplikace do referenčního genomu . Pomocí nástroje DECIPHER může lékař poté identifikovat specifické geny ovlivněné delecí/duplikací, určit, zda některé mají klinický význam (například zda byly odstraněny geny potlačující nádor ), a zobrazit oblast v prohlížeči genomu Ensembl, aby zjistil, zda existují další souhlasní pacienti v DECIPHER s překrývajícími se delecemi/duplikacemi. To umožňuje lepší zjištění, zda je změna počtu kopií normální polymorfní variantou, nebo pravděpodobnou příčinou klinických příznaků pacienta . Klinický lékař pak může pacientovi poradit o pravděpodobném významu delece/duplikace a jejích důsledcích pro jejich zdraví.
Data každého pacienta jsou anonymizována a jsou reprezentována pouze ID s přidruženým genotypem a sadou klinických symptomů ( fenotypů ). Údaje o pacientech jsou zpřístupněny ostatním členům konsorcia a lze je zobrazit prostřednictvím Ensembl, pokud pacient podepíše formulář souhlasu . S informovaným souhlasem budou anonymizované delece/duplikace a fenotypy dostupné členům konsorcia DECIPHER a veřejným uživatelům s různou úrovní přístupu (např. Pouze přihlášení uživatelé mohou vidět kontaktní údaje centra, které zadalo údaje). Veřejní uživatelé, kteří si přejí najít více informací o pacientovi, mohou odeslat žádost společnosti DECIPHER, která ji poté odešle koordinátorovi klinik odpovědnému za odesílající centrum.
Většina pacientů uložených v DECIPHER vykazuje genetické mutace s velmi nízkým výskytem v obecné populaci. Proto je také nízká pravděpodobnost, že se stejní lékaři setkají s podobnými pacienty. Jelikož je DECIPHER otevřen jakémukoli akreditovanému klinickému lékaři nebo cytogenetikovi z celého světa, šance na nalezení podobných vzácných případů se výrazně zvyšuje. Toto online sdílení klinických genetických informací podporuje nejen lepší porozumění mikrodelecím/mikroduplikacím a jejich přidruženým patogenním fenotypům, ale také usnadnilo objev nových syndromů . V lednu 2014 bylo do databáze DECIPHER zařazeno více než 23 000 pacientů, z nichž více než 10 000 souhlasilo.
Etika a soukromí
Příslušný souhlas se zadáním údajů o pacientovi do DECIPHER získává předkládající lékař. Souhlas pacienta lze kdykoli odvolat a jeho údaje budou odstraněny. Záznamy dětí se často zobrazují se souhlasem rodičů opatrovníků. DECIPHER radí, že jakmile dítě dosáhne věku šestnácti let, bude o vstupu informováno a bude mu dána možnost odstoupit nebo pokračovat jako účastník. Každé členské centrum, které používá DECIPHER, získá etické schválení od etické komise pro výzkum ve své vlastní instituci nebo zemi, kde je to relevantní. Ve Velké Británii byl úřad komisaře pro informace informován o DECIPHER v souladu se zákonem o ochraně údajů z roku 1998 . Na projekt dohlížejí zástupci poradních sborů z oblasti lidské genetiky, výpočetní biologie , etiky a práva.
Aby byla zajištěna ochrana osobních údajů , jsou data poskytována prostřednictvím šifrovaného připojení TLS/SSL . Pouze důvěryhodné osoby z uznávaných center lékařského výzkumu mají přístup k identitě centra, které odeslalo dalšího pacienta (což jim umožňuje kontaktovat kliniky pacienta, pokud si přejí spolupracovat). Členové veřejnosti mohou procházet souhlasné anonymizované údaje o pacientech v DECIPHER a Ensembl, aniž by byla uvedena identita odesílajícího centra.
Viz také
- Virtuální karyotyp
- Mendelovská dědičnost u člověka
- MARRVEL , webová stránka, která používá DECIPHER jako jednu ze šesti lidských genetických databází a sedmi databází modelových organismů k integraci informací.
Reference
externí odkazy